В мгу запустили «ноев ковчег»

Масштабная электронная база данных предназначена для работы с самой различной биологической информацией – от рациона питания одноклеточных организмов до секвенированных геномов.

Сравнительно не так давно мы писали о том, что в Столичном национальном университете полным ходом идут работы по созданию цифрового гербария. Но цифровой гербарий – только часть огромной информационной совокупности называющиеся «Ноев ковчег», в которой находятся информацию об примерах из биологических его партнёров и коллекций университета, подключившихся к проекту.

Кое-какие коллекции микроводорослей сохраняются в особых холодильных камерах при температуре +10°С. (Фото: Петр Каменский.) Информационную совокупность создали программисты из НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ совместно с учеными из направления «грибы и Микроорганизмы» проекта «Ноев ковчег». (Фото: Петр Каменский.) Сейчас информационная совокупность включает 19 разных коллекций биологического материала.

образцов и Список коллекций всегда пополняется. Не так долго осталось ждать у всех образцов будет личный штрих-код, что существенно облегчит их поиск. (Фото: Петр Каменский.) Суспензионные культуры микроводорослей по окончании пересева нужно подращивать на особых «качалках». (Фото: Петр Каменский.)‹ ›

Для каждого примера сотрудники МГУ создают подробные паспорта, которые содержат разностороннюю данные о каждом из «коллекционных» организмов. Принципиально важно не только само по себе присутствие примера, но и его подробное описание: что это за организм, кем, где и в то время, когда он был собран, чем примечателен и для чего его возможно применять в практике и науке.

По словам начальника направления «грибы и Микроорганизмы» Алексея Соловченко, у информационной совокупности имеется все, дабы стать настоящей базой знаний о живых организмах. В «Ноевом ковчеге» (что создают в рамках гранта Российского научного фонда «Научные базы создания Национального банка-депозитария живых совокупностей») возможно сохранять не только описание самих организмов, но и все методики работы с ними: как их культивировать, изучать и сохранять продолжительное время. Это особенно принципиально важно для коллекций одноклеточных организмов, таких, как бактерии и микроводоросли.

«Фундаментальный принцип работы совокупности – адаптивная форма паспорта примера, которая изначально вмещает минимум информации, обрисовывающей любой пример независимо от коллекции и типа биоматериала: информацию о том, где и как именно был взят пример, и данные о живом организме, из которого забран материал. Другая часть паспорта настраивается так, дабы оптимально и полно отражать сведения, специфичные для различных единиц хранения и живых существ, от бактерий до животных», – информирует научный координатор проекта «Ноев ковчег», ведущий научный сотрудник биологического факультета московского университета Петр Каменский.

Один из основных «плюсов» совокупности – возможность машинально загружать сведения о хранящихся организмах из авторитетных интернациональных баз данных, таких как Catalog of Life, NCBI GenBank и др. Так, паспорт примера может содержать самую разнообразную данные, впредь до последовательности ДНК. Кое-какие геномы были секвенированы намерено в ходе проекта, для других же образцов нужен выход к внешним базам данных.

До тех пор пока что встроенный в совокупность геномный браузер находится в разработке, но не считая него у совокупности в возможности покажутся и другие биоинформатические сервисы, благодаря которым пользователи депозитария смогут извлечь максимум пользы из хранящейся в нем информации.

Число оцифрованных образцов всегда увеличивается за счет добавления новых информации и загрузки коллекций из уже имеющихся электронных баз. «Ноев ковчег» разрабатывали с таким расчетом, дабы собрать в нем сведения по коллекциям не только из МГУ, но и из вторых научных организаций – так, в первый раз создан прототип совокупности, талантливой соединить воедино все российские биоколлекции.

«Сейчас в совокупность загружено около 510 тыс. образцов, 500 тыс. из которых – гербарные образцы, а около 10 тыс. – детально охарактеризованные микробы. Для них, кроме микрофотографий, в совокупность загружены подробные описания, впредь до предпочитаемого «меню» и «отпечатков пальцев» (фрагментов генома). К концу 2018 года мы планируем загрузить в информационную совокупность все образцы, каковые имеется в коллекциях МГУ», – продолжает Петр Каменский. – «на данный момент в совокупности находится 19 коллекций, процесс описи, загрузки и оцифровки данных длится.

Физически коллекции Депозитария МГУ находятся в тех лабораториях, в которых с ними трудятся. В случае если забрать биологический факультет, то в том месте находится как минимум сто коллекций. Раньше обладатели коллекций приятель про приятеля знали мало, и пользоваться коллекциями имели возможность лишь те люди, каковые конкретно с ними трудились.

С возникновением отечественной информационной совокупности обстановка кардинально поменялась».

Создание столь масштабной электронной совокупности требует строгой упорядоченности образцов. Этого добились, снабдив любой пример неповторимым штрих-кодом: сфотографировав штрих-код простым смартфоном, возможно за доли секунды отыскать в базе данных всю дешёвую данные о данном примере, загрузить его паспорт.

Разработчики собираются создать эргономичный инструментарий для работы с информацией, содержащейся в совокупности, и сделать так, дабы возможно было оформлять онлайн-заявки для получения биологического материала. Актуальная версия совокупности дешева по адресу depo.msu.ru.

Биологические коллекции необходимы не только и не столько чтобы было что показывать прочей публике и студентам. Прежде всего, в них хранится материал для самых разнообразных изучений – коллекциями пользуются биологи самых различных профессий, от зоологов и ботаников до экологов и генетиков.

Помимо этого, они помогают сохранению биоразнообразия, в случае если речь заходит не о засушенных примерах, а о «живых» коллекциях, наподобие хранилища семян либо банка микроорганизмов. (Детально о том, для чего необходимы биобанки и как формировались биологические коллекции Столичного национального университета, возможно определить из статьи ректора МГУ В.А. Садовничего, размещённой в жизни и «декабрьском номере Науки» за 2015 год.) Цифровые же технологии не только делают коллекцию более эргономичной и дешёвой, но и разрешают проводить научные изучения на как следует новом уровне. Новую базу данных уже деятельно применяют в исследовательской работе – данные, которую удалось взять с ее помощью, возможно найти в последних статьях, опубликованных участниками проекта в изданиях PLOS ONE, Molecular Phylogenetics and Evolution и Photosynthesis Research.

В том, что «Ноев ковчег» ожидает громадное научное будущее, сомневаться не приходится – аналогов аналогичной информационной совокупности, разрешающей оперировать сведениями о биологических примерах самой различной природы, и руководить хранилищами биоматериала, в мире не существует.

Источник: nkj.ru

Случайные записи:

• Сми: в египте открыли гробницу фараона xi династии
• У собак нашли двойное происхождение

КОТ КОСМОНАВТ И НОЕВ КОВЧЕГ D-факт (#21)

Похожие статьи, которые вам понравятся:

• Ibm запустит первый коммерческий сервис квантовых вычислений

  Компания IBM сказала о разработке первого коммерческого сервиса квантовых облачных вычислений — IBM Q. Сервис будет запущен уже в 2017 году, и, по словам…

• Самарский государственный аэрокосмический университет запустил суперкомпьютер на платформе ibm bladecenter

  Компания IBM и Самарский национальный космический университет им. академика С.П. Королева (СГАУ) заявили об открытии суперкомпьютерного центра, в рамках…

• Кто следит завами всети?

  Кроме того бирки E-ZPass, каковые применяют в Соединенных Штатах для дистанционной оплаты проезда по платным дорогам, являются объектом кибершпионажа….

• В мгу заработал один из крупнейших в мире цифровых гербариев

  Коллекция отсканированных изображений образцов из фондов биологического факультета сейчас дешева как опытным исследователям, так и просто любителям,…